Proga za postajo Divača poteka najprej po rahlem nasipu, nato v vkopu, po treh kilometrih pa preide v prvi predor, ki je s 6.714 metri najdaljši predor na celotni trasi. Južno od naselja Mihele, v zgornjem delu doline Glinščice, preide proga na površje in premosti dolino z dvema mostovoma, med katerima je galerija. Po slabih desetih kilometrih proga preide v drugi najdaljši predor (6.017,34 m), nato po viaduktu Gabrovica (V1), ki poteka pod črnokalskim avtocestnim viaduktom, v dolgem loku zaobide naselje Gabrovica pri Črnem Kalu.
V nadaljevanju trasa poteka skoraj v celoti v predorih T3, T4, T5 in T6 po jugozahodnemu pobočju Osapske doline. V predzadnjem predoru T7 se usmeri proti jugu, poteka po zaseku in useku in nato z viaduktom Vinjan (V2) preči dolino Vinjanskega potoka in se drugič približa državni meji z Republiko Italijo. Proga zatem še zadnjič preide v predor, ki v dolgem levem loku poteka pod Plavjami in v zaledju Zgornjih in Spodnjih Škofij. V zaključku predora proga poteka pod traso avtoceste A1, v zaledju Dekanov preide v razširjen predusek in nadaljuje potek po dolini Rižane. Po nasipu se približa obstoječi progi in poteka ob njej do cepišča Bivje.
Na zadnjem odseku proga križa lokalno cesto in kolesarsko pot, premosti Rižano in se zaključi na cepišču Bivje.