V projekt gradnje drugega tira Divača-Koper so vključena tudi evropska nepovratna sredstva in posojilo Evropske investicijske banke, zato so v postopke priprave projekta vključeni tudi Evropska komisija, Evropska investicijska banka in Jaspers, ki izvaja projektno svetovanje.
Prav tako bo projekt pod nadzorom Računskega sodišča, Finančne uprave ter Komisije za preprečevanje korupcije, v projektno-finančnem svetu je tudi predstavnik civilnega gibanja.
Za civilni nadzor nad projektom je bil ustanovljen projektni svet , ki bo nadziral projekt in prispeval k še večji transparentnosti projekta. Člani sveta bodo seznanjeni s podatki in dokumentacijo, ki se nanašajo na izvajanje projekta drugi tir. Po obravnavi bodo oblikovali mnenja in stališča ter z njimi seznanili vlado, dvakrat letno pa bodo za vlado pripravili še mnenje o izvajanju projekta. Vsak član bo imel pravico do ločenega mnenja.